Ответ зависит от полномочий структурного подразделения, предоставленных ему головным учреждением.
Если обособленное подразделение уполномочено начислять заработную плату работникам и уплачивать НДФЛ, а также предоставлять налоговую отчетность (Налоговый расчет по форме № 1ДФ) на своих работников, то фактически оно является самостоятельным налоговым агентом. В этом случае считается, что работник трудится по двум местам работы, на которых ему начисляют заработную плату.
При этом налоговая социальная льгота (далее — НСЛ) применяется только по одному месту начисления (выплаты) зарплаты ( п.п. 169.2.1 НКУ). Следовательно, при начислении заработной платы работнику по двум местам работы применить НСЛ можно к его зарплате только по одному из них. Работник самостоятельно выбирает место применения НСЛ. Другими словами, работник может воспользоваться правом на льготу либо по основному месту работы (головное учреждение), либо по совместительству (уполномоченное обособленное структурное подразделение) в зависимости от размера зарплаты.
Если же одним из мест трудоустройства работника является обособленное подразделение, которое не уполномочено начислять заработную плату работника, перечислять НДФЛ в бюджет, а также подавать Налоговый расчет по форме № 1ДФ в налоговый орган, то при определении предельного размера дохода, дающего право на применение НСЛ, зарплата по двум местам работы суммируется. Иначе говоря, с предельным размером дохода в таком случае нужно сравнивать сумму заработной платы, начисленной как головным учреждением (по основному месту работы), так и неуполномоченным структурным подразделением (по совместительству).
