В вашей ситуации дальнейших операций с покупателем не предполагается, поэтому все, что перечислено свыше установленной суммы по договору, является не чем иным, как ошибочно перечисленными денежными средствами.
А на ошибочно зачисленные средства НН не составляется, ведь объектом обложения НДС является операция поставки. Все, что перечислено свыше суммы по договору, выпадает из-под объекта обложения НДС. Да и сумма в НН должна соответствовать договору и первичным документам.
Поэтому, считаем, включать «лишнюю» копейку в НН не нужно.
Конечно, по-хорошему, ошибочно зачисленные средства должны быть возвращены обратно покупателю в 5-дневный срок (это являлось бы дополнительным подтверждением тому, что сумма действительно зачислена по ошибке). Подробнее читайте в статье «На счет поступили ошибочные средства: НДС-последствия» в журнале «Бухгалтер 911», 2015, № 34. Но в нашем случае мы имеем дело с несущественной суммой в 1 копейку, которую, понятно, возвращать никто никому не будет. Возврат одной копейки обойдется гораздо дороже, чем сама возвращаемая сумма.
Поэтому в этой ситуации поступаем так:
1. НН составляем исходя из суммы договора (без учета «лишней» копейки).
2. После отгрузки товаров / подписания Акта предоставленных услуг возникнет кредиторская задолженность перед покупателем в 1 копейку. По общему правилу списать кредиторскую задолженность можно по истечении срока исковой давности. Но ввиду того, что сумма в 1 копейку не превышает порог существенности, ее можно сразу списать в состав прочих доходов (Дт 36 — Кт 719). Покупатель покажет эту копейку в составе прочих расходов (Дт 949).
Также лучше переделать ошибочно выписанный счет на правильную сумму. А в качестве аргумента для налоговиков (на случай, если они захотят придраться к НН) желательно провести сверку расчетов.
Если бы это была не последняя операция с покупателем, тогда 1 копейку нужно было бы рассматривать как оплату в счет будущих поставок. НН в этом случае должна составляться с учетом «излишней» 1 копейки.