Считаем, что при переплате спецсчет пополнять не нужно*. Ведь отправляют средства на спецсчет с собственного текущего счета в суммах, недостающих для уплаты в бюджет согласованных НО по НДС (п.п. «б» п. 2001.4 НКУ). А в этом случае у вас уже и так есть переплата. Ее автоматом засчитают в счет погашения НО.
* Напомним также, что:
— в переходном периоде (с 01.02.2015 г. до 01.07.2015 г.) НН/РК регистрируют без пополнения (!) спецсчета (абзац второй п. 35 подразд. 2 разд. ХХ НКУ);
— НДС за январь уплачивают по-старому — с текущего счета (письмо № 1403).
Отчасти подтверждает это «переходный» п. 34 подразд. 2 разд. ХХ НКУ. Правда, касается он будущих времен и переплат, которые останутся на 01.07.2015 г. (т. е. к моменту полноценного ввода спецсчетов). На сумму этих переплат плательщику увеличат «лимит регистрации» и одновременно уменьшат сумму, задекларированную к уплате в бюджет (или увеличат сумму отрицательного значения). Учтите, что с зависшими на 1 июля переплатами поступят так в безоговорочном (!) порядке (после чего такие суммы, по сути, выйдут из разряда переплат). Так что желающим их вернуть деньгами лучше побеспокоиться о том заблаговременно.
На этот счет в письме № 1403 также уточнялось, что суммы переплат на 01.07.2015 г., в частности, уменьшат размер НО, подлежащих уплате в бюджет. То есть в любом случае планируется, что сумма переплаты погасит задекларированные обязательства. Следовательно, имея переплату, плательщику для уплаты НДС не нужно пополнять спецсчет.
Ну и не забывайте: «при переплатах» всегда в запасе есть альтернативный вариант — вернуть сумму переплаты. Для этого нужно подать заявление на возврат не позже 1095 дней со дня переплаты (ст. 102 НКУ). Поэтому выбор за вами.