Контроль за дотриманням норм цього Закону здійснюють органи, які видають ліцензії, а також інші органи в межах компетенції, визначеної законами України. Контроль за дотриманням вимог відповідності матеріально-технічної бази вимогам законодавства до малих виробництв виноробної продукції здійснює центральний орган виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері безпечності та окремих показників якості харчових продуктів.
Підприємство-товаровиробник самостійно визначає засоби та форми захисту вироблюваних ним алкогольних напоїв і тютюнових виробів та пального від фальсифікації (підроблення) і має право ініціативи контролю щодо фальсифікації власної продукції суб’єктами господарювання та фізичними особами. Орган державного контролю, до якого звернувся товаровиробник з таким проханням, зобов’язаний терміново провести перевірку відповідності продукції оригіналу в присутності представника товаровиробника — ініціатора перевірки. За наявності документів, які підтверджують факт фальсифікації, товаровиробник має право звернутися у встановленому законом порядку до суду без сплати державного мита.
Суб’єкти господарювання, які отримали ліцензії на виробництво та/або оптову торгівлю спиртом, алкогольними напоями і тютюновими виробами та здійснюють таку діяльність та/або експорт, імпорт зазначеної продукції, подають до органу виконавчої влади, уповноваженого Кабінетом Міністрів України видавати такі ліцензії, щомісяця до 10 числа наступного місяця звіт про обсяги виробництва та/або обігу (в тому числі імпорту та експорту) спирту, алкогольних напоїв та тютюнових виробів за формою, встановленою цим органом. У разі якщо в місяці, наступному за звітним місяцем, суб’єкт господарювання самостійно виявив помилки у поданому ним звіті за звітний місяць, він зобов’язаний подати уточнений звіт до кінця місяця, наступного за звітним місяцем. У такому разі штраф, встановлений абзацом дев’ятнадцятим частини другої статті 17 цього Закону, не застосовується.
(зміни до частини третьої статті 16, передбачені підпунктом 8 пункту 21 розділу І Закону України від 16.10.20ф12 р. № 5463-VI, внесені не будуть у зв’язку із заміною з 01.08.2012 р. цієї частини двома частинами Законом України від 04.07.2012 р. № 5039-VI)
Контроль за сплатою річної плати за ліцензії здійснюється органом виконавчої влади, уповноваженим Кабінетом Міністрів України видавати ліцензії на виробництво спирту, алкогольних напоїв та тютюнових виробів і пального, оптову торгівлю спиртом, оптову та роздрібну торгівлю алкогольними напоями та тютюновими виробами і пальним, на зберігання пального. Для здійснення контролю суб’єкт господарювання подає зазначеному органу копію платіжного доручення з відміткою банку про сплату.