В связи этим возник вопрос, можно ли за счет бюджетного возмещения по НДС погасить налоговый долг, который возник по платежам, поступления которых распределяются между государственным и местным бюджетами.
Ответ на этот вопрос предоставил Минфин. Он убежден, что такое зачисление сделать не удастся. Дело в том, что согласно п.п. «в» п. 87.1 НКУ за счет сумм бюджетного возмещения по НДС можно гасить лишь налоговый долг по платежам, которые идут только в госбюджет (например, по акцизному налогу, рентной плате за пользование радиочастотным ресурсом и т. п.).
Следовательно, если у вас есть долг по платежам, которые распределяются между местным и государственным бюджетом (по налогу на прибыль или налогу на доходы физлиц), то погасить его бюджетным возмещением по НДС не удастся.
(Письмо Минфина от 21.04.17 г. № 35130-12-10/11072)