Не нужно. Сейчас объясним почему.
Дело в том, что недостачи продукции могут быть:
а) нормативными, например, потери, которые возникают при транспортировке, хранении и реализации продукции из-за воздействия на них таких объективных факторов, как усушка, выветривание, распыление, просачивание, бой и т. п.
Для указанных недостач приказами соответствующих министерств установлены предельные размеры — нормы естественной убыли.
Считается, что такие потери происходят в рамках хозяйственной деятельности плательщика НДС, поэтому никаких последствий по НДС не возникает (начислять налоговые обязательства или корректировать налоговый кредит не нужно);
б) ненормативными. Такие потери могут возникнуть как в результате бесхозяйственной деятельности (порчи ценностей, недостачи в результате хищения и т. д.), так и в связи с потерей продукции (при хранении или перевозке) сверх норм естественной убыли.
Такая сверхнормативно утраченная продукция (в нашем случае — зерно) уже не может быть использована в рамках хоздеятельности плательщика НДС. Соответственно, в силу вступает п.п. «г» п. 198.5 НКУ.
Согласно указанной норме плательщику НДС для того, чтобы «компенсировать» налоговый кредит, сформированный в связи с приобретением/выращиванием зерна, необходимо начислить налоговые обязательства. Базой обложения НДС в этом случае будет цена приобретения, а если это собственная продукция — обычная цена сверхнормативно утраченного зерна ( п. 189.1 НКУ).
При этом не позднее последнего дня отчетного (налогового) периода плательщик НДС должен составить сводную налоговую накладную и зарегистрировать ее в Едином реестре налоговых накладных.