На этот вопрос контролеры отвечают (см. консультацию в подкатегории 102.18.02 БЗ): если арендная плата от предоставления в аренду государственного (коммунального) имущества подлежит распределению, а именно часть средств должна зачисляться на счет плательщика налога — балансодержателя такого имущества, а часть — на соответствующий счет государственного (местного) бюджета, то при определении объекта налогообложения учитывается только та часть арендной платы, которая остается в распоряжении балансодержателя.
Часть арендной платы, перечисляемая на соответствующий счет государственного (местного) бюджета, в налоговом учете плательщика налога — балансодержателя государственного (коммунального) имущества не отражается.
Кстати, такое же мнение мы высказывали в «Налоги и бухгалтерский учет», 2013, № 14, с. 34.