Відповідь залежить від повноважень структурного підрозділу, які надані йому головною установою.
Якщо відокремлений підрозділ уповноважений нараховувати заробітну плату працівникам і сплачувати ПДФО, а також подавати податкову звітність (Податковий розрахунок за формою № 1ДФ) на своїх працівників, то фактично він є самостійним податковим агентом. У цьому випадку вважається, що працівник працює на двох місцях роботи, на яких йому нараховують заробітну плату.
При цьому податкова соціальна пільга (далі — ПСП) застосовується лише за одним місцем нарахування (виплати) зарплати ( п.п. 169.2.1 ПКУ). Отже, при нарахуванні заробітної плати працівнику за двома місцями роботи застосувати ПСП можна до його зарплати лише за одним із них. Працівник самостійно обирає місце застосування ПСП. Інакше кажучи, працівник може скористатися правом на пільгу або за основним місцем роботи (головна установа), або за сумісництвом (уповноважений відокремлений структурний підрозділ) залежно від розміру зарплати.
Якщо ж одним із місць працевлаштування працівника є відокремлений підрозділ, який не уповноважений нараховувати заробітну плату працівника, перераховувати ПДФО до бюджету, а також подавати Податковий розрахунок за формою № 1ДФ до податкового органу, то при визначенні граничного розміру доходу, що дає право на застосування ПСП, зарплата за двома місцями роботи підсумовується. Інакше кажучи, із граничним розміром доходу в такому разі потрібно порівнювати суму заробітної плати, нарахованої як головною установою (за основним місцем роботи), так і неуповноваженим структурним підрозділом (за сумісництвом).