После НДС-регистрации ФЛП берет на себя все обязанности и получил возможность пользоваться всеми правами, прописанными в разд. V НКУ. В том числе начислять налоговые обязательства (НО) по операциям поставки по «первому событию» (п. 187.1 НКУ).
В вашем случае «первое» событие (оформление акта выполненных работ) произошло в безНДСный период. В тот момент ФЛП еще не был плательщиком НДС, а значит, не должен был и начислять НО.
«Второе» событие (получение денег) произошло уже в статусе плательщика НДС. Однако по «второму» событию НО не начисляются (категория 101.07 ЗІР ГФСУ). Соответственно, проведенная операция пройдет мимо НДС-учета ФЛП.
Но! При условии, что на «переходные» операции не распространяется кассовый метод определения НО (пп. 187.1, 187.7, 187.10 и п. 44 подразд. 2 разд. XX НКУ)*. Тогда, в случае поступления оплаты, ФЛП обязан задекларировать НО по НДС и уплатить их в бюджет.
* Подробнее — в Теме недели «Кассовый метод по НДС» // «БН», 2017, № 33.
А вот что касается размера ставки единого налога, то здесь следует применять текущую ставку ЕН 3 %.
Дело в том, что доходом ФЛП — плательщика ЕН является доход, полученный в течение отчетного периода в денежной, материальной или нематериальной форме (п. 292.1 НКУ).
Полученные средства от заказчика являются доходом, полученным в IV квартале 2017 года, когда ФЛП уже стал плательщиком НДС (п. 293.3 НКУ). Соответственно и ЕН он должен платить по новой ставке (3 %).