Безболезненно для вас эта ситуация пройдет лишь в том случае, если покупатель приобретал товар в розничной сети и ему был выдан кассовый чек (т. е. если вы объемы таких покупок включили в итоговую НН). В этом случае, если покупатель в день покупки не уведомил вас о своем статусе плательщика НДС, вы вправе отказать ему в выдаче НН.
В остальных случаях ситуация для вас как поставщика не радужная.
Если «ошибка» была обнаружена по истечении предельных 15 дней, отведенных на регистрацию НН, то в случае ее исправления и «перевыписки» накладной, поставщику грозит штраф за несвоевременную регистрацию НН по ст. 1201 НКУ. А НН в этом случае придется «перевыписать», ведь покупатель имеет право на ее получение.
Если же поставщик не пойдет навстречу покупателю и откажет ему в НН, то последний может подать жалобу по форме Д8 ( абз. 17 п. 201.10 НКУ), и тогда уже за это дело возьмутся налоговики и все равно будут применены штрафы по ст. 1201 НКУ (в том числе по п. 1201.4).
Так что знать НДС-статус покупателя в интересах самого поставщика.
Сразу скажем: действующее законодательство не обязует контрагента безоговорочно уведомлять вторую сторону о своем налоговом статусе. Ведь налоговый статус контрагента не влияет на его способность либо неспособность выполнять обязательства по договору.

Поэтому инициатива об уведомлении о налоговом статусе контрагента должна исходить от сторон. Для этого желательно фиксировать этот статус в самом договоре или прилагать к нему документы, подтверждающие НДС-статус покупателя. Это может быть копия извлечения из Реестра плательщиков НДС или просто распечатка с сайта ГФСУ, подтверждающая, что контрагент включен в Реестр плательщиков НДС или, наоборот, отсутствует в нем.
Узнать, является ли контрагент плательщиком НДС, вы можете и самостоятельно через сайт ГФСУ, на котором в открытом доступе размещен Реестр плательщиков НДС.

Есть ли ответственность у покупателя за неуведомление или сообщение заведомо ложных сведений о своем налоговом статусе? В договоре стороны, конечно, могут прописать такую ответственность, но она будет частью договорной ответственности (да и то, как посмотрят на эту ситуацию суды в случае возникновения спора, еще неизвестно), а вот от налоговых санкций по ст. 1201 НКУ поставщика не освободит. Тем более что, учитывая наличие доступных электронных сервисов, с помощью которых можно проверить НДС-статус плательщика, доказать, что у поставщика не было возможности узнать об НДС-статусе покупателя, будет достаточно сложно.