Договоры. Обязательно ли их вообще нумеровать? Минюст в письме от 01.10.2003 г. № 15-14-376 отмечал, что: «номер договора не может быть существенным условием, а относится только к реквизитам договора. Причем вопрос регистрации документов в организации, в том числе и договоров, решается путем принятия локальных (внутренних) нормативных актов».
Иначе говоря, нумерация договоров как таковая не является обязательной. И как нумеровать договоры, каждый решает для себя сам. Есть, конечно, утвержденные инструкции по делопроизводству, но они обязательны для применения только для отдельных бюджетных учреждений.
Согласны с этим мнением и суды.
На практике договоры нумеруют как кому удобно. Можно с начала каждого года просто вести сплошную последовательную нумерацию (№ 1, № 2 и т. д.). Можно добавлять в номер и месяц заключения договора (например, № 10-09/2016). Можно вести отдельную нумерацию в разрезе видов договоров: отдельно на поставку, отдельно на аренду и т. п. Иногда нумерацию договоров ведут по отделам, которые отвечают за исполнение договора. В общем, все на ваше усмотрение.
Акты выполненных работ и другие первичные документы (кроме кассовых ордеров). Согласно ст. 9 Закона о бухучете номер — необязательный реквизит первичного документа. Положение № 88* (п. 2.4) относит его только к дополнительным реквизитам. А значит, даже если порядковый номер не будет указан в первичном документе, это не может быть основанием для признания его недействительным.
А как на практике нумеруют акты? Здесь также все отдано на откуп субъекту хозяйствования. Очень часто нумерацию ведут в разрезе договоров, указывая после порядкового номера акта через дробь еще и номер договора (например, Акт № 1-10/2016-п).

Кассовые ордера. Приходные и расходные кассовые ордера подлежат регистрации в Журнале регистрации приходных и расходных кассовых ордеров. Налоговики отмечают, что форма этого Журнала предусматривает нумерацию кассовых ордеров с начала каждого года с номера «1». Причем, если в течение календарного года заканчивается или изменяется форма кассовой книги и/или Журнала, то нумерация кассовых ордеров продолжается (разъяснение в категории 109.10 ЗІР).
Счета-фактуры. Это вообще не первичный документ ( письмо ГФСУ от 28.09.2015 г. № 9062/Б/99-99-17-02-02-14). Поэтому никаких требований к нумерации счетов нет. Можно вообще их не нумеровать.