Из вопроса непонятно, основные средства использовались только в необлагаемых операциях или частично в облагаемых, частично — в необлагаемых. Две ситуации регулируются разными нормами НКУ (п. 198.4 и ст. 199 соответственно), поэтому последствия будут различаться.
В первом случае в периоде использования основных средств в облагаемых операциях налогоплательщик имеет право восстановить налоговый кредит на основании бухсправки (п. 198.5 НКУ). База восстановления описана в п. 189.1 НКУ — балансовая (остаточная) стоимость, сложившаяся на начало отчетного (налогового) периода, в течение которого осуществляются такие операции.
Что касается проблемы «365 дней», то налоговики, видимо, обосновывают свою позицию абз. 3 п. 198.6 НКУ и п. 4 разд. V Порядка № 678. На наш взгляд, эти нормы устанавливают, что восстановить налоговый кредит можно при наличии всех условий для его формирования (подтверждения налоговой накладной и другими документами, а если их не будет при проверке, то налоговики могут убрать этот налоговый кредит и применить штраф), а не правило «365 дней», о котором говорят проверяющие.
Как ни странно, но из разъяснений самих налоговиков можно сделать положительные выводы. Так, в одной из консультаций в БЗ (категория 101.21) налоговики описывают порядок отражения в декларации и Реестре выданных и полученных налоговых накладных восстановления налогового кредита и ничего не говорят о проблеме «365 дней». А в одной из консультаций в издании «Вестник налоговой службы Украины», 2013, № 17-18 (с. 22) было прямо сказано: в бухгалтерскую справку может быть включена налоговая накладная, составленная больше года назад, при условии, что такая накладная в свое время по факту получения была включена в Реестр с учетом требований п. 198.6 НКУ относительно 365 дней и учитывая срок давности, определенный ст. 102 НКУ.
Здесь следует уточнить, что срок давности, определенный в ст. 102 НКУ (1095 дней), касается самостоятельного исправления ошибок и доначисления налоговых обязательств контролирующим органом. В нашем случае ни то, ни другое не происходит. Поэтому применять и его нет оснований.
Теперь о втором случае. Восстановление налогового кредита по необоротным активам, участвовавшим в операциях двойного назначения, а потом переведенным для использования только в облагаемых операциях, НКУ не предусмотрено. По необоротным активам ст. 199 НКУ предусмотрено распределение НДС с последующими перерасчетами. Таких перерасчетов четыре: один по итогам того года, в котором объект начал эксплуатироваться (исходя из ЧВ этого года), остальные три по итогам следующих трех лет с расчетом ЧВ нарастающим итогом (без учета объемов поставок первого года эксплуатации).
Если налогоплательщик прекратил осуществлять необлагаемые операции, то перерасчеты по необоротным активам не прекращаются. Такого мнения до недавнего мнения придерживались налоговики в одной из консультаций (категория 101.23 БЗ). С 30.12.2013 г. она переведена в категорию недействующих в связи с появлением новой формы декларации по НДС. Однако новая форма декларации в этом плане ничего не поменяла, поэтому считаем, что эта рекомендация актуальна и сегодня. Значит, ваше предприятие, несмотря на прекращение необлагаемых поставок, все равно обязано проводить перерасчеты НДС по таким необоротным активам.
Поскольку ЧВ по трем перерасчетам рассчитывается нарастающим итогом, а с течением времени доля облагаемых операций будет все больше и больше, то в итоге вы сможете включить в состав налогового кредита максимально справедливую (в рамках трехлетних объемов поставок) сумму НДС.
Отдельно следует сказать о тех необоротных активах, которые были куплены в 2014 г. до момента прекращения необлагаемой деятельности. Они попали под распределение при приобретении исходя из ЧВ 2013 г. Потом их следует включить в перерасчет по итогам 2014 г. А вот в последующих перерасчетах их отражать не следует, ведь ЧВ по ним будет 100 %, но восстанавливать весь налоговый кредит