Если первым событием является предоплата за товар, который еще не изготовлен, то на дату её получения поставщик составляет НН, в который определяет налоговые обязательства исходя из договорной стоимости товара.
Если при оприходовании на баланс самостоятельно изготовленного товара его производственная себестоимость превышает договорную стоимость (по которой были определены налоговые обязательства при предоплате, составлена НН), то на дату оприходования плательщик налога должен составить вторую НН на разницу между производственной себестоимостью и договорной стоимостью такого товара.
Кстати, в «Налоги и бухгалтерский учет», 2015, № 14, с. 15 мы приходили к подобным выводам.