Брать таможенную стоимость, чтобы определить нижнюю планку для начисления НО по НДС при продаже ввезенного товара, неправильно. Ориентируемся только на цену приобретения.
Таможенная стоимость используется исключительно для таможенных целей, в частности, для начисления импортного НДС на таможне (ч. 1 ст. 46 ТКУ).
Согласно п. 190.1 НКУ импортный НДС начисляется на договорную (контрактную) стоимость, но не ниже таможенной, определенной в соответствии с разд. III ТКУ, с учетом таможенной пошлины и акцизного налога (для подакцизных товаров), подлежащих уплате и включаемых в цену товара. То есть дальше таможни таможенная стоимость не применяется.
Кода же дело касается продажи ввезенного товара, чтобы определить базу НДС, используйте другие правила: определите ее исходя из договорной стоимости, но (!) не ниже цены приобретения таких товаров/услуг (п. 188.1 НКУ). Что собой представляет цена приобретения товара — это уже другой вопрос. Полный ответ на него см. выше.
Здесь же отметим, что вам как первичному импортеру за цену приобретения товара следует брать первоначальную стоимость продаваемого товара. А она заметим, состоит не только из суммы, уплаченной иностранному контрагенту (за минусом непрямых налогов), но и ТЗР, суммы ввозной пошлины, сумм непрямых невозмещаемых налогов, а также прочих расходов (п. 8 П(С)БУ 9).
То есть при дальнейшей продаже ввезенного товара для расчета минимальной планки для начисления НО ориентируемся на его первоначальную стоимость (то, что зашло на субсчет 281).