Нет. Более того, регистрироваться плательщиками НДС филиалы крымского предприятия не могут.
Во-первых, филиалы и представительства не подпадают под определение лица для целей НДСного раздела V НКУ ( п.п. 14.1.139 НКУ), юридическими лицами они не являются.
Во-вторых, согласно п.п. 3 п. 12.3 ст. 12 Закона о СЭЗ «Крым»* с 01.06.14 г. считается аннулированной НДС-регистрация лиц, которые по состоянию на 31.05.14 г. имели местонахождение (место жительства) и находились на учете в контролирующих органах на территории АР Крым и г. Севастополя. Контролирующие органы отказывают в регистрации плательщиком НДС лицам, которые имеют местонахождение (место жительства) на территории АР Крым и г. Севастополя, до окончания срока временной оккупации. То есть крымское предприятие уже не является плательщиком НДС.
Вывод: филиал, который полностью или частично осуществляет хозяйственную деятельность, после аннулирования регистрации самого предприятия как плательщика НДС теряет делегированное юрлицом право на составление налоговых накладных от имени такого юрлица.