Ні, не потрібно. Більше того, реєструватися платниками ПДВ філії кримського підприємства не можуть.
По-перше, філії та представництва не підпадають під визначення особи для цілей ПДВшного розд. V ПКУ (п.п. 14.1.139 ПКУ), юридичними особами вони не є.
По-друге, п.п. 3 п. 12.3 ст. 12 Закону про ВЕЗ «Крим»* на 01.06.14 р. вважається анульованою ПДВ-реєстрація осіб, які станом на 31.05.14 р. мали місцезнаходження (місце проживання) і перебували на обліку в контролюючих органах на території АР Крим та м. Севастополя. Контролюючі органи відмовляють в реєстрації платником ПДВ особам, які мають місцезнаходження (місце проживання) на території АР Крим і м. Севастополя, до закінчення строку тимчасової окупації. Отже, кримське підприємство вже не є платником ПДВ.
Висновок: філія, яка повністю чи частково провадить господарську діяльність, після анулювання реєстрації самого підприємства як платника ПДВ втрачає делеговане юрособою право на складання податкових накладних від імені такої юрособи.