Нет, не нужно.
После того, как Кабмин своим постановлением от 19.07.17 г. № 536 внес изменения в Порядок № 569*, в полной мере заработал п. 2001.6 НКУ.
1. В случае подачи уточняющего расчета (УР) плательщик НДС обязан перечислить доначисленную сумму налога в порядке, определенном ст. 200 НКУ. То есть с НДС-счета (п. 20 Порядка № 569).
Соответственно, если в момент списания средств Казначейством на НДС-счете будет сумма, достаточная для уплаты обязательств по УР, дополнительно перечислять средства не придется.
Внимание! «Старые» обязательства, возникшие до 01.07.15 г., нужно погашать напрямую с текущего счета на бюджетный счет (п. 87.1 НКУ).
2. Уплата же штрафных санкций и пени осуществляется с текущего счета в соответствующий бюджет (п. 25 Порядка № 569).
Если на дату подачи УР числится переплата на бюджетном счете, ее можно использовать для погашения обязательств, которые уплачиваются с текущего счета напрямую в бюджет (в нашем случае — «самоштраф» и пеня) (категория 135.04 ЗІР ГФСУ).
Причем для этого никаких заявлений направлять в контролирующий орган не нужно — переплату в погашение обязательства по тому же платежу зачислят автоматически (п.п. «а» п. 87.1 НКУ).