В первую очередь отметим, что в случае применения налоговиками штрафа за нарушение налогового законодательства, вам в обязательном порядке должно быть отправлено (вручено) налоговое уведомление-решение ( п. 116.1 НКУ).
А отправленным (врученным) уведомление-решение считается только в том случае, если оно передано должностному лицу плательщика под подпись или отправлено по почте письмом с уведомлением о вручении ( п. 2 разд. III Порядка № 1204*).
При этом, если почта, руководствуясь Правилами № 1204**, не может вручить плательщику налоговое уведомление-решение по причине отсутствия по месту нахождения должностных лиц***, их отказа принять налоговое уведомление-решения, ненахождения фактического места расположения (местонахождения) плательщика или по другим причинам, такое уведомление-решение согласно п. 58.4 НКУ: «считается врученным плательщику в день, указанный почтовой службой в уведомлении о вручении с указанием причин невручения».
** Правила предоставления услуг почтовой связи, утвержденные постановлением КМУ от 05.03.2009 г. № 270.
*** В этом случае письмо будет храниться на почте еще в течение месяца со дня его получения почтой ( п. 116 Правил). А далее оно отправится назад отправителю с указанием причин невручения.
А со дня, следующего за днем вручения налогового уведомления-решения, отсчитывается десятидневный срок для уплаты штрафа. А дальше — по истечении этого срока начинает начисляться пеня.

Поэтому для ответа на вопрос, вправе ли налоговики применять пеню, нужно определить, по чьей вине фактически не было получено уведомление-решение. Если по вине плательщика (например, не отреагировал на уведомление почты о получении соответствующего отправления), то начисление пени за просрочку уплаты штрафа в этом случае будут вполне правомерным.
Если же виноват сам контролирующий орган (например, указал неправильный адрес плательщика) или почта, тогда уведомление-решение не может считаться врученным плательщику. А значит, начисление пени в этом случае неправомерно.
Если вы уверены в том, что неполучение уведомления-решения произошло не по вашей вине, то следует выяснять ситуацию с налоговиками (в уведомлении-решении обязательно фиксируется дата, указанная в почтовом отправлении о вручении/невручении уведомления) и почтой.