Расходы не тронут
Начнем с конца.
В данной ситуации у налоговиков не будет оснований для того, чтобы снять с расходов стоимость товаров.
Если эти расходы подтверждены документально, не нарушен порядок их учета из ст. 177 НКУ, вы имеете полное право их учесть.
Да, предпринимателю предписано вести Книгу учета доходов и расходов и иметь первичные документы о происхождении товара (накладная, ТТН, фискальный чек, акт закупки и т. п.) — п. 177.10 НКУ. Но ни о каком учете остатков товаров сейчас в НКУ / другой действующей нормативке речь не идет 
.
Это, кстати, подтверждает и сама ГФСУ.
В категории 104.05 ЗІР есть консультация на этот счет. Налоговики совершенно справедливо указывают, что учет остатков на начало и на конец года велся (в суммовом выражении исходя из цен приобретения) в «старой» Книге учета доходов и расходов. Ей пришел конец еще в далеком 2013 году 
. Вместе с тем новыми (и актуальными по сей день) формой Книги и Порядком ее ведения, утвержденными приказом Миндоходов от 16.09.2013 г. № 481 (вступил в силу с 18.10.2013 г.), не предусмотрено ведение остатка товарных запасов.
Соответственно учет расходов никак не может быть обусловлен наличием/отсутствием такого учета. Угрозы для расходов нет!
Если «нет»…
Как быть, если налоговики «просят», а информации такой у нас нет.
«Зерно сомнения» может посеять Закон об РРО — у тех, кто имеет дело с наличными (а также карточными) расчетами.
В п. 12 ст. 3 Закона об РРО действительно есть обязанность вести учет товарных запасов на складах и/или по месту их реализации:
«Субъекты хозяйствования, осуществляющие расчетные операции в наличной и/или в безналичной форме (с применением платежных карточек и т. п.)… обязаны вести в порядке, установленном законодательством, учет товарных запасов на складах и/или по месту их реализации, осуществлять продажу только тех товаров (услуг), которые отражены в таком учете».
Прямо от этой обязанности освобождены лишь предприниматели-единоналожники, которые не являются плательщиками налога на добавленную стоимость.
Но сразу возникает вопрос: учет товарных запасов нужно вести «в порядке, установленном законодательством», а где он, чем определен?
Весь парадокс в том, что ни один нормативно-правовой акт не содержит такого порядка. Бухучет предприниматели вести не обязаны. Порядок ведения книги учета доходов и расходов к учету товарных запасов отношения не имеет. Других специальных актов для предпринимателей-общесистемщиков нет.
Немаловажно, что и штраф по ст. 20 Закона об РРО, который с указанной обязанностью корреспондирует, не устанавливает ответственность за отсутствие учета как такового*.
* Интересную информацию по этому поводу можно найти в судебной практике, к примеру, в постановлении Сумского окружного админсуда от 10.09.2015 г. по делу № 2a-1870/3834/12, постановлении Николаевского окружного админсуда от 30.11.2016 г. по делу № 814/1172/16 и определении Одесского апелляционного админсуда от 22.02.2017 г. по делу № 814/1172/16.
К субъектам хозяйствования, осуществляющим реализацию товаров, не учтенных в установленном порядке, применяется финансовая санкция… То есть это, в принципе, не наш случай.
Вежливо отказать
Что имеем в итоге?
Законодательством не определен порядок учета товарных запасов у предпринимателей-общесистемщиков. А раз так, то получается, что и вести какой-то особенный, специфический учет товаров не нужно!
Обычно налоговики соглашались с этим и считали, что правильно заполненная Книга учета доходов и расходов + первичные документы на товар = правильный и достаточный учет у предпринимателей-общесистемщиков.
Поэтому получается, что в ответ на запрос налоговиков о номенклатуре и количестве товара по состоянию на первое число каждого года предприниматель может фактически вежливо отказать налоговикам.
Можно ответить, что законодательством не установлен порядок ведения учета товаров на начало года. Соответственно информацией об остатках предприниматель не владеет, в чем никакого нарушения нет.
Что же касается учетных обязанностей, то они выполнены путем надлежащего ведения Книги учета доходов и расходов. Требование о наличии первичных документов выполнено, и они могут быть переданы для проверки.
Налоговикам передавайте заверенные копии документов. Оригиналы не отдавайте. 
