Не будем вдаваться в детали, что представляет собой электронная подпись. Важно вот что: аутентичность поданного вами электронного отчета и тот факт, что отчет подан именно вами, подтверждаются наличием на нем этой самой электронной цифровой подписи (далее — ЭЦП).
Что касается предпринимателя, то его двойственный статус (одновременно и гражданин, и субъект хозяйствования) позволяет иметь сразу две ЭЦП: оформленную на него как на обычного гражданина и оформленную на него же как на предпринимателя.
В связи с чем предприниматели спрашивают:
— если у меня есть ЭЦП, оформленная на гражданина, могу ли я подписать ею «предпринимательские» отчеты (например, декларацию единоналожника, декларацию о доходах общесистемщика, форму № Д5 и т. п.)? Ответ: нет!
— если у меня есть ЭЦП, оформленная на предпринимателя, могу ли я подписать ею «гражданские» отчеты? Ответ: да!
А теперь подробнее. Что касается ЭЦП, оформленной на вас как на гражданина, то ею можно пользоваться только для «гражданских» целей (например, подписать декларацию о доходах гражданина, е-декларацию, зайти в электронный кабинет налогоплательщика, вести переписку и т. п.).
А вот для «предпринимательских» целей эта подпись не годится, так как при ее оформлении не указываются сведения о госрегистрации в качестве предпринимателя. А ведь прежде чем вы начнете подавать отчетность в электронном виде, вам нужно будет заключить с налоговиками договор о ее приеме. Такой договор «работает» лишь в отношении предпринимателей.
Итак, сомнений нет (и налоговики на «горячей линии», и работники ПриватБанка подтверждают ): для подписания «предпринимательских» отчетов должна использоваться именно ЭЦП, которая оформлена на предпринимателя.
Что же касается обратной ситуации, когда предприниматель намерен подписать какой-то «гражданский» документ своей «предпринимательской» ЭЦП, то Киевские налоговики это допускают (http://kyiv.sfs.gov.ua/okremi-storinki/arhiv1/274866.html).

А все дело в том, что статус физлица-предпринимателя шире, чем просто статус физлица. Поэтому при оформлении ЭЦП на предпринимателя указывается вся информация, необходимая и для идентификации этого физлица как гражданина. Стало быть, «предпринимательская» ЭЦП годится как замена «гражданской».