Конечно же, можно, но лучше бы вам было указать в вопросе конкретное наименование оказанной услуги…
Так вот, что касается единиц измерения в НН, то, как известно, условное обозначение названия соответствующей единицы измерения — в вашем случае это «шт» — вписывается в графу 4 НН (п.п. 3 п. 16 Порядка № 1307*). Разумеется, пишется без кавычек. А в графу 5 вписывается код этой единицы измерения, который берется из Классификатора системы обозначений единиц измерения и учета ДК 011-96 (КСОЕИУ). В вашем случае это «2009» (тоже пишется без кавычек).
* Порядок заполнения НН, утвержденный приказом Минфина от 31.12.2015 г. № 1307.
Только, пожалуйста, не путайте это кодовое обозначение единицы измерения объема поставленных услуг с тем кодом собственно услуги, который согласно п.п. 2 п. 16 Порядка № 1307 должен быть вписан в графу 3.3 НН. Такой код (код услуги) берется из Государственного классификатора продукции и услуг ДК 016:2010. Кстати, о хитромудростях его определения для заполнения НН вы читали в «Налоги и бухгалтерский учет», 2017, № 27, с. 37.
Прямо отвечая на ваш вопрос, скажем:
в принципе, не установлено никаких запретов либо ограничений на использование любой единицы измерения
Лишь бы она была взята из КСОЕИУ.
Более того: если согласно первичным документам на поставку товара/услуги для их учета и отражения использована единица измерения, вообще отсутствующая в КСОЕИУ, то разрешено фактическое условное обозначение из первичного документа указать в графе 4 НН. А графу 5 при этом не заполнять (см. п.п. 3 п. 16 Порядка № 1307). Ну это-то понятно: нет единицы — значит нет и ее кода…
Кстати, остается и традиционный вариант: в графе 4 НН на поставку услуг писать «послуга», не заполняя графу 5. По нашей информации от читателей, налоговики на местах рекомендуют — возможно, по старинке — только этот вариант.
Но самое главное для вас то, что:
условное обозначение названия единицы измерения в графе 4 НН должно соответствовать использованному в первичке
Под первичкой имеются в виду договор и акт оказанных услуг (выполненных работ).
Таким образом, если в указанных документах для учета объема оказанных услуг вы использовали такую единицу измерения, как штуки, то вам не просто можно, но таки следует указывать в графе 4 соответствующей НН ее условное обозначение «шт».
Несколько примеров такой услуги: по мойке автомобилей (код 45.20.30), складирования и хранения (код 52.10), доставки пищевых продуктов на дом (код 53.20.12) — если соответственно цена установлена «за мойку 1 авто», «за складирование и хранение 1 контейнера», «за 1 доставку».
Заметим, что в графе 3.3 НН можно указывать не все цифры кода услуги, а лишь четыре первые (см. п.п. 2 п. 16 Порядка № 1307). И в отличие от кода УКТ ВЭД на товары, который указывают в графе 3.1 НН, в этом случае — с точкой, так как, несмотря на ее очевидную бесполезность, иначе НН в ЕРНН завести не получается.