Судя по вопросу, товар продавался на условиях отсрочки платежа. Если говорить об НДС, то для НДС важно, когда произошло первое событие по операции. В нашей ситуации первое событие — отгрузка товара — произошло во время пребывания на спецЕН (когда для нас все операции поставки были НДС-необъектными). Оплата этого товара уже является вторым событием и на НДС-учет не влияет. А значит, и в чеке РРО операция приема оплаты должна отражаться как необъектная НДС-операция.