Контроль за дотриманням норм цього Закону здійснюють органи, які видають ліцензії, а також інші органи в межах компетенції, визначеної законами України.
Підприємство-товаровиробник самостійно визначає засоби та форми захисту вироблюваних ним алкогольних напоїв і тютюнових виробів від фальсифікації (підроблення) і має право ініціативи контролю щодо фальсифікації власної продукції суб’єктами господарювання та фізичними особами. Орган державного контролю, до якого звернувся товаровиробник з таким проханням, зобов’язаний терміново провести перевірку відповідності продукції оригіналу в присутності представника товаровиробника — ініціатора перевірки. За наявності документів, які підтверджують факт фальсифікації, товаровиробник має право звернутися у встановленому законом порядку до суду без сплати державного мита.
Суб’єкти господарювання, які отримали передбачені цим Законом ліцензії, подають до органу виконавчої влади, уповноваженого Кабінетом Міністрів України видавати такі ліцензії, щомісяця до 10 числа наступного місяця звіт про обсяги виробництва та/або обігу (в тому числі імпорту та експорту) спирту, алкогольних напоїв та тютюнових виробів за формою, встановленою цим органом.
(зміни до частини третьої статті 16, передбачені підпунктом 8 пункту 21 розділу І Закону України від 16.10.2012 р. № 5463-VI, внесені не будуть у зв’язку із заміною з 01.08.2012 р. цієї частини двома частинами Законом України від 04.07.2012 р. № 5039-VI)
Контроль за сплатою річної плати за ліцензії здійснюється органом виконавчої влади, уповноваженим Кабінетом Міністрів України видавати ліцензії на виробництво або імпорт, експорт спирту, алкогольних напоїв та тютюнових виробів, оптову торгівлю спиртом, оптову та роздрібну торгівлю алкогольними напоями та тютюновими виробами. Для здійснення контролю суб’єкт господарювання подає зазначеному органу копію платіжного доручення з відміткою банку про сплату.