Если регистрация НН была налоговиками заблокирована, то они не имели никакого права уменьшать ваш реглимит (∑Накл) на сумму НДС из такой НН. Это однозначно следует из норм п 2001.3 НКУ. Из трех показателей, которые уменьшают сумму реглимита (согласно приведенной там формуле расчета реглимита ∑Накл), здесь теоретически мог уменьшить реглимит ∑НаклВид. Однако этот показатель согласно п 2001.3 НКУ состоит из общей суммы НДС по составленным плательщиком НН и расчетам корректировки (РК), зарегистрированным в Едином реестре налоговых накладных! Но не заблокированным!
Что же касается показателя ∑Перевищ, то он мог уменьшить сумму вашего реглимита лишь в том случае, если вы ту НН, о которой идет речь в вопросе, зарегистрировали после истечения предельного срока. Однако при регистрации этой НН показатель ∑Перевищ должен был уменьшиться, а показатель ∑НаклВид увеличиться на сумму НДС из этой НН. То есть в конечном итоге реглимит не должен был списаться в двойном размере. Именно так и настроена СЭА НДС, поэтому в вашем случае, скорее всего, имел место непреднамеренный (или намеренный?) сбой.
А может, у вас это просто совпало с ежеквартальным пересчетом показателя ∑Овердрафт, который тоже мог уменьшить ваш реглимит?..
Выход один: потребовать от ГФСУ (возможно, даже жалуясь на ресурс «Пульс»), чтобы вам восстановили незаконно снятую сумму реглимита. Напомним здесь о письме ГФСУ от 11.01.18 г. № 968/7/99-99-12-03-01-17, в котором, если плательщику не нравятся «манипуляции» СЭА НДС с его реглимитом, главные фискалы рекомендуют обращаться к местным фискалам.