Начнем с налоговых накладных. В первую очередь рекомендуем вам провести их «инвентаризацию». Ведь у вас есть как надлежащим образом оформленные налоговые накладные, так и те, которые не дают права на налоговый кредит или вообще не зарегистрированы. А порядок «списания» НДС по ним разный.
Непроведенные «годные» налоговые накладные (зарегистрированные, по которым можно было показать налоговый кредит). Здесь важно учитывать, что право на налоговый кредит сохраняется в течение 365 к. дн. с даты составления налоговой накладной ( п. 198.6 НКУ). Кроме того, за плательщиком сохраняется право подать уточняющий расчет за период, в котором налоговая накладная подлежала включению в налоговый кредит, в течение 1095 дней. И сейчас налоговики это прямо признают ( письмо ГФСУ от 07.09.2016 г. № 19321/6/99-95-42-01-15).

А это означает, что по «годным» налоговым накладным безопаснее списывать суммы НДС в расходы (Дт 949) только по истечении 1095 дней с даты их составления.
Не включенный НДС можно отнести и на первоначальную стоимость основных средств либо товаров, если они еще не использованы, на основании п. 8 П(С)БУ 7 и п. 9 П(С)БУ 9. Правда, этот вариант несколько не соответствует другим требованиям П(С)БУ.
При этом считаем неправильным полученные и надлежащим образом оформленные налоговые накладные учитывать на субсчете 644/Неполученные налоговые накладные (644/1). Для них нужно открыть отдельный субсчет, например, 644/2 (придержанные налоговые накладные). То есть в момент получения налоговой накладной делать проводку: Дт 644/2 — Кт 644/1. Если в течение 1095 дней они так и не будут проведены, тогда сумму НДС списываем на расходы проводкой: Дт 949 — Кт 644/2.
«Негодные» налоговые накладные. Если налоговая накладная вообще не зарегистрирована, то Инструкция № 141* (п. 8) предписывает на следующий день после истечения предельных сроков регистрации налоговых накладных (на сегодняшний день это 180 к. дн. с даты их составления) списывать сумму НДС в Дт субсчета 949.
Если речь идет о налоговых накладных с ошибкой, то нужно посмотреть, не составлялись ли к ним «исправляющие» расчеты корректировки. Если они не были зарегистрированы в течение 365 к. дн. с даты составления налоговой накладной, суммы НДС можно списывать на расходы (Дт 949).
Теперь что касается переплаты по коммунальному налогу. Очевидно, что по истечении 1095 дней налоговики списали эту переплату. Поэтому ее нужно также списать в Дт субсчета 949.