Прав работодатель. И вот почему.
Действительно, если больничный лист открыт работнику после окончания рабочего дня, то этот день: (1) в табеле рабочего времени отражается как отработанный; (2) оплачивается исходя из условий трудового договора. То есть, проще говоря, работнику за этот день начисляется зарплата.
Как отработанный (а не «нетрудоспособный») день он будет отражен и в отчетности по ЕСВ.
Идем далее и смотрим на п. 3 Порядка № 1266. В нем указано: «больничная» среднедневная заработная плата исчисляется путем деления начисленной за расчетный период заработной платы, на которую начислен ЕСВ, на количество календарных дней нахождения в трудовых отношениях в расчетном периоде без учета календарных дней, не отработанных по уважительным причинам.
К уважительным причинам, которые исключаются из общего количества календарных дней в расчетном периоде, относятся, в частности, дни временной нетрудоспособности. Но (!), чтобы такие дни исключить из расчета, они не должны быть отработаны. Именно об этом говорит нам п. 3 Порядка № 1266 (см. выше). А «наш» день-«накладка» отработан!
Таким образом, для исключения из расчетного периода дня болезни совершенно недостаточно того, что он отмечен в больничном листе как день временной нетрудоспособности. Условие для исключения: этот день не должен быть отработанным. Следовательно, в ситуации, описанной в вопросе, и зарплата за день-«накладку», и сам день-«накладка» участвуют в расчете «больничной средней».