Думаем, в вашем случае нет особых причин волноваться о правомерности отражения НК по такой «сводно-дневной» НН.
Начнем с теоретической части.
Пункт 201.7 НКУ устанавливает, что НН составляется на каждую полную или частичную поставку товаров/услуг, а также на сумму средств, поступивших на текущий счет как предварительная оплата (аванс).
Такая формулировка, если оторвать ее вторую часть от первой, думаем, буквально позволяет выписывать одну НН на всю сумму средств, поступивших в течение дня на текущий счет* как разные предварительные оплаты от одного клиента. Причем формально это могут быть предварительные оплаты и по разным товарам и договорам. Да и п. 201.1 НКУ упоминает не момент, а дату возникновения налоговых обязательств, на которую надо составить НН. То есть его нормы при этом тоже не нарушаются.
* И/или в кассу, хотя касса прямо в этой норме и не упомянута…
Такие выводы подтверждают и документы налоговиков. Сначала в Обобщающей налоговой консультации по отдельным вопросам отражения в налоговом учете по НДС отчетного периода НН, выписанных в предыдущих периодах, и формирования на их основании налогового кредита, утвержденной приказом ГНСУ от 16.02.2012 г. № 127, они в ответе на вопрос 2 делают вывод, что в случае получения нескольких авансовых платежей в течение одного дня от одного и того же покупателя за один и тот же товар в пределах одного и того же договора не будет считаться ошибкой, если поставщиком будет выписана одна НН на общую сумму таких авансовых платежей.
Дальше — больше.
В письме ГФСУ от 16.04.2018 г. № 1599/6/99-99-15-03-02-15/ІПК налоговики цитируют этот вывод из ОНК, а потом его расширяют. Они отмечают: если в договоре с покупателем не предусмотрено составление сводных налоговых накладных, и покупатель в один и тот же день оплачивает товар несколькими авансовыми платежами в рамках разных гражданско-правовых договоров, также не будет считаться ошибкой, если продавцом будет составлена одна налоговая накладная на общую сумму таких авансовых платежей.
И такая НН, зарегистрированная в ЕРНН, является основанием для включения НДС в НК! Аналогичный вывод фигурирует и в действующей консультации в БЗ 101.16! И здесь уже речь не идет об оплате за «тот же товар».
Поэтому, считаем, в данном случае вы можете достаточно спокойно включать НДС по такой «сводно-дневной» НН в НК.
Если же вы слишком осторожны, сделайте документальное подтверждение того, что оба счета были выписаны/отдельно оплачены вами по одному и тому же договору с поставщиком. Или попросите его выписать две разные НН, но, думаем, это будет излишней перестраховкой. К тому же минусовый РК на первую НН могут заблокировать...
Отметим здесь еще такой момент, который прямо вашей ситуации не касается. Когда одной платежкой/суммой перечисляются/поступают несколько сумм предварительных оплат, налоговики считают некорректной выписку нескольких НН — только одна, на общую сумму платежа (см. письма ГНСУ от 29.03.2019 г. № 1340/ІПК/04-36-12-01-16 и от 12.07.2019 г. № 3241/6/99-99-15-03-02-15/ІПК).
