Одно из условий распределения НДС и начисления компенсирующих распределительных НО — получение права на НК. Пока поставщик не зарегистрирует должным образом оформленную НН, вы такого права не имеете. Поэтому начислять компенсирующие НО до регистрации НН не нужно.
С другой стороны, вы точно знаете, что объект основных средств будет участвовать в операциях двойного назначения. Поэтому определенные проводки, связанные с распределением НДС, вам сделать необходимо. Входящий НДС до момента регистрации НН отражается по Дт 644/1, а начисляемые компенсирующие НО — включаются в состав первоначальной стоимости* в корреспонденции с Кт 643/1 (если изначально знали о направлении использования объекта).