Прежде всего заметим, что госрегистрация ФЛП на время мобилизации не прекращается (ч. 3 ст. 39 Закона № 2232). То есть закрывать ФЛП, если вы планируете потом (после демобилизации) продолжать деятельность, не нужно. После возвращения ФЛП сам решит: продолжать ему вести бизнес или закрываться (закрытие происходит по обычной процедуре).
А что с налогами и отчетностью?