Оплатили ви все правильно. Дійсно, згідно з ПКУ і Порядком № 569*:
* Порядок електронного адміністрування ПДВ, затверджений постановою КМУ від 16.10.2014 р. № 569.
— доплату податку за УР (значення гр. 6 ряд. 18 УР) здійснюють з ПДВ-рахунку (пп. 2001.2 і 2001.6 ПКУ);
— штрафні санкції («самоштраф» і пеня) сплачуються безпосередньо до бюджету з поточного рахунку (п. 25 Порядку № 569).
Причому згідно з п.п. «а» п. 50.1 ПКУ сплатити суму недоплати і «самоштраф» 3 % потрібно до подання УР. Це означає таке: суму недоплати потрібно забезпечити на ПДВ-рахунку на момент подання УР. А ось «самоштраф» потрібно заплатити до подання УР.
Судячи із запитання, платник усе зробив «у строк». Але чому ж тоді могла з’явиться недоїмка за УР? Насправді її поява, швидше за все, пов’язана з тим, що:
— списання грошей за УР з ПДВ-рахунку відбувається не відразу. Адже згідно з п. 2001.6 ПКУ і п. 20 Порядку № 569 при отриманні УР на збільшення податкових зобов’язань фіскали повинні направити Держказначейству коригуючий реєстр на списання коштів з ПДВ-рахунку. На підставі такого реєстру Держказначейство перераховує суми податку до бюджету. Тому раніше, ніж ці реєстри будуть сформовані і направлені Держказначейству, гроші з ПДВ-рахунку списані бути не можуть;
Згідно з п. 20 Порядку № 569 податківці, отримавши від платника «збільшуючі» УР, повинні направити Держказначейству коригуючі реєстри не пізніше наступного робочого дня.
— тоді як п. 50.1 ПКУ вимагає, щоб недоплата за УР була сплачена до подання УР. І мабуть, у фіскалів усе автоматизовано так, що, не побачивши оплату за «збільшуючим» УР на момент його прийняття (а її й неможливо побачити, оскільки гроші з ПДВ-рахунку можуть бути списані тільки після подання УР), програма відразу видає недоїмку 
.
Тобто поява недоїмки пов’язана з розривом у часі між поданням УР і списанням грошей із ПДВ-рахунку.
Але! Насправді ж жодної недоїмки (податкового боргу) в нашому випадку (коли платник забезпечив гроші у строк на ПДВ-рахунку/сплатив вчасно «самоштраф» до бюджету) немає. Її поява тимчасова. І якщо вона з’явилася, то, після того як гроші будуть списані з ПДВ-рахунку, повинна й зникнути. Як показує практика, так і відбувається 
!
Причому звернімо увагу: на списання грошей із ПДВ-рахунку за УР платник вплинути не може. Його завдання — забезпечити вчасно гроші на ПДВ-рахунку. Крім того, п. 40 підрозд. 2 розд. ХХ ПКУ передбачає звільнення платника ПДВ від будь-яких штрафів, якщо гроші з ПДВ-рахунку не були списані вчасно Держказначейством.
Тобто: «реальна» недоїмка може виникнути тільки в тому випадку, якщо платник не забезпечив на дату подання УР кошти на ПДВ-рахунку або не заплатив до подання УР суму «самоштрафу» і пеню (якщо така є) до бюджету з поточного рахунку.
