Сразу скажем: ситуация достаточно проблемная.
Во-первых, поскольку нет первичных документов, которые бы подтверждали факт передачи ТМЦ воинской части, то, к сожалению, воспользоваться «военными» налоговыми «льготами»* (которые, в частности, позволяют не начислять НДС при передаче товаров/услуг для нужд обороны государства), вы не сможете.